Výchozím grafickým prostředím Fedora Core je Gnome. Vedle tohoto grafického prostředí existuje celá řada alternativ, z nichž bezesporu nejznámnější je grafické prostředí KDE. Podobně jako v případě Gnome je i KDE doplněno řadou doprovodných aplikací (např. audio přehrávač amoroK, vypalovací software k3B). Fedora Core je koncipována tak, aby po grafické stránce bylo mezi Gnome a KDE byl minimální rozdíl. Po dohrání potřebných knihoven je možné programy určené pro Gnome používat pod KDE a obráceně. Volba mezi těmito grafickými prostředími je tak v podstatě otázkou osobních preferencí.
Grafické prostředí KDE je možné nainstalovat pomocí Aplikace → Systémová nastavení → Přidání/Odebrání aplikace, z příkazové řádky
yum -y install htdig yum -y install kdebase yum -y install arts yum -y install desktop-printing yum -y install kdegraphics yum -y install kdenetwork yum -y install kdemultimedia yum -y install kdeaddons yum -y install kdeutils yum -y install kdeartwork yum -y install autorun
nebo pomocí
yum -y groupinstall "KDE (K Desktop Environment)"
Po provedení instalace prostředí se odhlašte a při opětovném přihlášení vyberte KDE.
Vedle Gnome a KDE existují další grafická prostředí jako např. XFCE, BlackBox, Enlightment. Narozdíl od Gnome a KDE jsou méně náročná na systémové prostředky 1) a nejsou doplněné o řadu „spřátelených“ aplikací.