Pro Fedoru existuje velké množství správců souborů, stačí si vybrat. Následující seznam obsahuje ty nejpopulárnější:
Nautilus - výchozí správce souborů pro GNOME.
Dolphin - výchozí správce souborů pro KDE.
Thunar - výchozí správce souborů pro Xfce, dá se používat jako odlehčená varianta Nautilu také v GNOME.
Midnight Commaner - alias mc, je nejpopulárnější konzolový správce souborů, vyznačuje se velkým množstvím funkcí. Podobná se legendárnímu Norton Commanderu.
Krusader - nejvyspělejší dvoupanelový správce pro Linux. Pokud hledáte náhradu za Total Commander, Krusader bude tou správnou volbou. Vzhledem k tomu, že se jedná o aplikaci napsanou v Qt, hodí se spíše do KDE.
GNOME Commander - dvoupanelový správce souborů, napsaný v GTK, díky čemuž se hodí spíše do GNOME či Xfce.
Tux Commander - dvoupanelový správce souborů, napsaný v GTK, díky čemuž se hodí spíše do GNOME či Xfce. Jeho autorem je Čech Tomáš Bžatek a dnes už není bohužel aktivně vyvíjen.